Terdapat 9 lintasan penyeberangan yang masuk dalam pantauan nasional, yakni Merak - Bakauheni, Ketapang - Gilimanuk, Jangkar - Lembar, Padangbai - Lembar, Kayangan - Pototano, Tanjung api-api - Tanjung Kelian, Ajibata - Ambarita, Panajam - Kariangau, Bajoe - Kolaka dan dua lintasan dari pelabuhan perbantuan Ciwandan - Wika Beton, dan Bojonegara - Muara Pilu.
