Achmad Djaketra, Penguasa Pelabuhan dari Kesultanan Banten

Konflik semakin meruncing. Berawal dari persaingan dagang  merambah ke perebutan pelabuhan. Pecahlah perang pertama. Pasukan Pangeran Jayakarta yang dibantu Kesultanan Banten berhasil mengalahkan VOC. Jan Pieterszoon Coen dan pasukan VOC kemudian mundur ke Ambon untuk mempersiapkan serangan balik dengan jumlah pasukan yang lebih besar.

Selanjutnya di kawasan ini juga pecah perang antara Kesultanan Banten dengan Inggris. Pasukan Inggris berhasil diusir dari Jayakarta. Akan tetapi, baru saja perang usai, tiba-tiba pasukan VOC kembali datang  dengan pasukan lebih besar.

Belanda di bawah komando Jan Pieterszoon Coen kembali melawan pasukan Jayakarta dan Banten yang berakhir dengan mundurnya Pangeran Jayakarta ke daerah Jatinegara. Kemudian ia dan pasukannya menetap di daerah yang kini menjadi Jatinegara Kaum hingga akhir hayatnya.

Menurut penuturan salah satu keturunan Pangeran Jayakarta,  Haji Suhendar yang juga merupakan pengurus Masjid As-Salafiyah, makam Pangeran Jayakarta pernah dirahasiakan. Karena akibat kekalahannya, Pangeran Jayakarta dikejar VOC. “Pangeran Jayakarta sempat memalsukan kematiannya sebelum bermukim di Jatinegara Kaum. Beliau melempar jubahnya ke dalam sumur,” katanya.

Hal itu dilakukan, untuk mengecoh Belanda  pencarian jenazah pangeran Jayakarta. Saat berada di Jatinegara Kaum, wilayah tersebut masih hutan jati. Lokasi itulah yang kini menjadi masjid yang berusia sekitar 400 tahun.

Pencarian Pangeran Jayakarta terjadi hingga 1640.  Menjelang  akhir hayatnya, Pangeran Jayakarta berpesan kepada pasukan dan keturunannya yang tersisa untuk merahasiakan makamnya selama Belanda masih berkuasa di tanah Jakarta.

Menurut Suhendar, selama dirahasiakan, bila ada seseorang yang berani angkat bicara soal makam Pangeran Jayakarta, maka orang itu akan mengalami musibah.

Saat ini makam